Ce numéro spécial expose l'état des connaissances en France en matière de biologie et d'écologie des macrophytes aquatiques c'est-à-dire des lichens, macro-algues, bryophytes, ptéridophytes, et autres hanérogames. Il renseigne sur les avancées scientifiques réalisées en matière d'outils taxonomiques et de méthodes d'identification des phytocénoses et de leurs spécificités écophysiologiques.

Les macrophytes aquatiques sont étudiés par rapport aux conditions environnementales dans lesquelles ils se développent, en fonction de leurs rôles dans l'habitat et de leurs interactions avec l'ensemble de la faune aquatique. Les enjeux de cette recherche sont triples. Tout d'abord, elle permet d'éclairer les acteurs locaux sur les indicateurs de l'état des cours d'eau notamment en termes de trophie.

De plus, étudier et comprendre les macrophytes apporte des réponses concernant la problématique des espèces proliférantes, indigènes ou exotiques dont la biologie et l'écologie sont tout à fait particulières. Enfin cette recherche permet aussi de s'interroger sur les modalités de gestion et de conservation des espèces rares.